1、全过程控制原则。对医院污水产生、处理、排放的全过程进行控制。
2、减量化原则。严格医院内部卫生安全管理体系，在污水和污物发生源处进行严格控制和分离，医院内生活污水与病区污水分别收集，即源头控制、清污分流。严禁将医院的污水和污物随意弃置排入下水道。
3、就地处理原则。为防止医院污水输送过程中的污染与危害，在医院必须就地处理。
4、分类指导原则。根据医院性质、规模、污水排放去向和地区差异对医院污水处理进行分类指导。
5、达标与风险控制相结合原则。全面考虑综合性医院和传染病医院污水达标排放的基本要求，同时加强风险控制意识，从工艺技术、工程建设和监督管理等方面提高应对突发性事件的能力。
6、生态安全原则。有效去除污水中有毒有害物质，减少处理过程中消毒副产物产生和控制出水中过高余氯，保护生态环境安全。